Писцовые книги по Новгороду Великому, датированные 1581—1582 годами, сообщают о двух помещениях денежного двора. Первый, древнейший и, очевидно, основной, находился на Ярославовом Дворище, между церквями Николы и Святых Отцов, а второй — на Рогатицкой улице. Последний в районе 1586 года был заменен другим, расположенным там же, но более обширным: 25 саженей в длину и 15 — в ширину. По-видимому, расширить площадь на Рогатице понадобилось в годы расцвета денежного чекана, имевшего место в 1560—70-х гг. Новое помещение было немногим меньше Псковского двора тех лет, размер которого на тот момент составлял приблизительно 50 х 50 метров.
Наступившее после окончания Ливонской войны (1558—1583) резкое сокращение притока серебра в Новгород и в частности на Рогатицкий МД замедлило его освоение. Эту версию подтверждает и местная писцовая книга, где сообщается лишь об одном дворнике Дорохе, проживающем на денежном дворе. Вероятно, в период упадка монетного производства в Новгороде чеканку производили на старом месте — на Ярославовом Дворище.
На Псковском дворе в 1585—1586 гг. дела шли лучше. Согласно записям там числились не только два дворника, но и размещались приказчики (целовальники). Найденные клады тех лет говорят о заметном оживлении в городе после 1595 года — в россыпях монет наблюдается довольно большое количество копеек с меткой Псковского двора. В конце правления Федора Ивановича был сделан и новый оборотный маточник с отчеством, повторявший типы московского и новгородского. Его изготовление, очевидно, было ответом на новые требования в организации чеканки, единые для всех денежных дворов.
К концу XVI века деньга, царствовавшая на столичном МД, окончательно перешла на положение разменного номинала. Ведущую роль получила копейка. В таких условиях Московский двор, постепенно приходивший в запустение со времен позднего правления Ивана Грозного, должен был перейти на чеканку главного номинала, чтобы не закрыться окончательно. Это тем более было необходимо, что к концу 1580-90-х годов экономическое положение столичной торговой среды улучшилось. Москва оправилась от последствий Опричнины, и ее положение в качестве центрального города Руси стало достаточно прочным. Казенные заказы на чеканку копеек удобнее было направлять на местный, столичный денежный двор, а не на Новгородский или Псковский. Все эти обстоятельства способствовали возрождению Московского чеканного дела. По всей видимости, оно началось после 1595 года и происходило при непосредственной помощи Новгородского двора.